הקצעת שורשים הינו טיפול אשר מבוצע במצבים בהם ניקוי אבנית רגילה אינה מספקת, כאשר מצב החניכיים קשה, כאשר ישנם כיסי חניכיים עמוקים מאוד וכאשר יש צורך בניקוי עמוק עד עומק השורשים.בהקצעת שורשים משתמשים במכשירים אשר מחליקים את דופן השורש ומאפשרים ניקויעמוק ויסודי אשר כתוצאה ממנו תהיה הבראה של החניכיים והידבקות מחדש של הקישורים המחברים בין החניכיים לשן (ריאטצ'מנט) .טיפול הקצעת שורשים מצריך הרדמה מקומית. בשל כך מחלקים את הטיפול למספר פעמים (בד"כ 2 ) אשר במהלכו מרדימים אזור שלם עליון ותחתון.
